Durch Gräberfunde ist bekannt, dass das Gebiet um das Steinhuder Meer bereits in der Altsteinzeit besiedelt war. Ursache könnte der Fischreichtum des Gewässers gewesen sein. Seit dem 12. Jahrhundert gehörte der See zur Grafschaft Schaumburg. Nahe Steinhude werden auf dem Seegrund Reste der Kranenburg vermutet, die 1320 in einer Fehde zerstört wurde. Taucher ertasteten bereits 1982 Steinreste, im August 2009 fand eine archäologische Untersuchung mittels Geomagnetik, Sonar und Radar statt. Von 1761 bis 1767 ließ Graf Wilhelm zu Schaumburg-Lippe im See eine künstliche Insel aufschütten und darauf die Festung Wilhelmstein errichten. Im 19. Jahrhundert und Anfang des 20. Jahrhunderts gab es Überlegungen, den See trockenzulegen und den Seegrund in landwirtschaftliche Fläche umzuwandeln. Seit 1973 gehört das Steinhuder Meer dem Land Niedersachsen. Zugrunde gelegt ist der Domina-Teilungsvertrag, der dem ehemaligen Fürstenhaus Schaumburg-Lippe mit Sitz in Bückeburg ideell die Hälfte des Sees im Eigentum überlässt. Dies ist Folge der Aufnahme des Landes Schaumburg-Lippe in das Land Niedersachsen nach dem Zweiten Weltkrieg und der daraus folgenden Gebietsreform. Zuvor gehörte der gesamte See den Schaumburg-Lippern, wie auch jetzt noch die Insel Wilhelmstein.
Der Fremdenverkehr am Steinhuder Meer erlangte nach der Inbetriebnahme der Steinhuder Meer-Bahn Ende des 19. Jahrhunderts größere Bedeutung.